V případě, že dle předpisu má o průběhu zkoušky vzniknout protokol, je třeba jej vytvořit stejně jako v případě prezenčního zkoušení (v needitovatelném formátu, např. pdf), který komise schválí. Je doporučeno postupovat dle standardních pravidel zhotovování protokolu v rámci prezenčních zkoušek. V případě státních závěrečných zkoušek a obhajob disertační práce se protokol vyhotovuje ve stejném režimu jako při prezenčním zkoušení.